Ist es möglich, die Schrifthöhe von Toleranzen in Bohrungstabellen zu skalieren?

Ja, die Schriftgröße der Toleranzen in der Bohrungstabelle ist abhängig von der Einstellung im Teil.
Gehen Sie bitte in das 3D Teil und dort unter:  Extras, Optionen, Dokumenteigenschaften, Bemaßungen.
Hier klicken Sie auf die Schaltfläche „Toleranzen“ und deaktivieren die Option „Bemaßungsschriftart verwenden“:

Für Bemaßungen, die bereits existieren, wird diese Einstellung nachträglich nicht übernommen.
Diese müssen einzeln angewählt werden und über den PropertyManager der Bemaßung, Registerkarte „Sonstiges“ nachgestellt werden:

Die nun in der Zeichnung erstellte Bohrungstabelle reflektiert dann die eingestellte Toleranzschriftgröße: